长安城的腐臭味中，瘟疫如黑色藤蔓般疯狂蔓延。裴云舟的墨家工坊外，等待救治的百姓排成长龙，病患们蜷缩在担架上，咳嗽声此起彼伏，带血的痰液在地上晕染出刺目的暗红。工坊内，青铜药碾与陶罐碰撞的声响彻夜不停，裴云舟的眼镜片上蒙着厚厚的药雾，他抓起一把苦参，却因过度疲惫手指打滑，药材散落一地。
"裴先生！西街王阿婆快不行了！"小雀撞开木门，发丝凌乱，裙摆沾满泥浆。她怀中的竹筒滚落在地，里面装着刚采集的带毒艾草——这是配制解药的关键药材。裴云舟的目光突然被艾草上的黑斑吸引，他冲过去捧起艾草，声音里带着狂喜："是墨线毒艾！用它搭配天山雪莲，或许能压制瘟疫！"
工坊角落，改良后的"神农鼎"正在熊熊燃烧。这尊机关鼎由星陨铁打造，鼎身布满可调节的气孔，能精准控制火候。裴云舟将墨线毒艾和雪莲投入鼎中，转动侧面的齿轮，鼎内顿时升起五彩烟雾。突然，鼎盖剧烈震动，气孔喷出的毒气将屋顶烧出大洞。"快退后！"他大喊着扯下衣襟捂住口鼻，却见毒气在空中凝成诡异的骷髅形状，朝着病患人群飘去。
千钧一发之际，柳如烟御剑而来，软剑划出的寒渊蚀毒液在空中形成冰幕，将毒气瞬间冻结。"裴云舟，你不要命了？"她落地时剑锋还在震颤，"这些毒气若扩散，整个坊市都要遭殃！"裴云舟却盯着冰块中扭曲的骷髅，眼中闪着狂热的光芒："看！这毒气遇冷会具象化，说明我们的方向是对的！"
为了验证新配方，裴云舟亲自试药。他将暗绿色的药汤一饮而尽，片刻后脸色涨红如猪肝，七窍渗出黑血。小雀吓得尖叫，柳如烟挥剑要劈碎药碗，却被他死死按住："别...别浪费...记下发作时间..."当他终于从昏迷中醒来，嘴角还挂着血迹，却颤抖着写下新的药方："减少雄黄，增加朱砂比例..."
与此同时，沈清霜率领金吾卫在疫区外围筑起铜墙铁壁。她手持玄铁令，眼神冷厉如鹰："任何人不得擅自出入！违令者，斩！"疫区深处，感染瘟疫的百姓被集中安置在临时搭建的竹楼里，竹楼之间用锁链连接，形成漂浮在污水上的"隔离岛"。每座竹楼顶端都安装着裴云舟发明的"驱毒风车"，扇叶转动时喷洒出特制的消毒水雾。
为了安抚恐慌的百姓，裴云舟发明了"问诊傀儡"。这些木制人偶的关节处装有感应装置，能模仿医师把脉。病患只需将手腕放在傀儡掌心，人偶胸前的竹简就会自动写出症状和药方。"王阿婆，您这是肺痨入体，"小雀念着竹简上的字，将一包草药递给老人，"每日用雪水冲服，七日可见效。"
但瘟疫的变异超出所有人预料。某天清晨，竹楼里突然传来撕心裂肺的惨叫。裴云舟冲进隔离区，只见一名患者的皮肤像蛇蜕般脱落，露出下面布满脓包的新肉。他强忍着恶心采集样本，在显微镜下发现病菌竟长出了细小的"牙齿"，正在啃噬人体的白细胞。
"必须用活人做实验！"裴云舟的提议震惊全场。苏砚握紧玄甲玉，金色光芒照亮他凝重的脸："我来。"柳如烟的软剑"呛啷"出鞘："不行！要试也是我来！"两人争执间，一名面黄肌瘦的少年从人群中走出："大人，我娘已经去了...就让我为大家做点事吧。"
实验在墨家工坊的密室里进行。裴云舟将新研制的"噬毒血清"注入少年体内，血清在血管中化作蓝色火焰，顺着经络燃烧。少年疼得在铁架上挣扎，指甲深深抠进木头。裴云舟死死盯着他手腕上的青筋，突然大喊："成功了！血清在吞噬病菌！"然而下一秒，少年瞳孔放大，七窍喷出黑血，身体迅速干瘪成一具木乃伊。
失败的打击让裴云舟几近崩溃，他把自己锁在工坊三天三夜。第四天清晨，当他蓬头垢面地走出房门时，手中捧着个青铜匣子："我明白了！病菌会吞噬药物进化，那我们就给它喂'假食物'！"匣子里装着用糯米、蜂蜜和草药制成的"诱饵药丸"，表面涂着能迷惑病菌的荧光粉。
新疗法终于见效。服用诱饵药丸的患者体内，病菌被荧光物质吸引，纷纷聚集在胃部。这时再服用特制的驱虫药，就能将病菌一网打尽。当第一个康复的孩童跑出竹楼，在阳光下欢笑时，整个长安城都沸腾了。百姓们自发在墨家工坊外点起篝火，将写满祝福的纸条塞进火中，纸灰像黑蝴蝶般飘向夜空。
裴云舟站在火光里，望着手中布满裂痕的眼镜，突然笑出声来。他的衣袍上沾满药渍和血迹，却笑得比任何时候都灿烂。玄甲玉的光芒穿过烟雾照在他身上，仿佛在为这位与死神搏斗的医者加冕。而在不远处，沈清霜悄悄抹去眼角的泪，重新握紧了腰间的长刀——这座城，终于有了重生的希望。
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